萩市位於日本中國地方西部、山口縣北部，濱臨日本海。這座城市以江戶時代長州藩的本據地「萩城下町」而聞名，毛利氏自關原之戰後移封至此，開創了長州藩的歷史。長州藩後來與薩摩藩等並列為明治維新的核心勢力，因此萩市孕育出許多影響近代日本的重要人物，如吉田松陰、高杉晉作、木戶孝允、山縣有朋等人。
萩市的地勢一面臨海，三面環山，交通建設在過去發展緩慢，相較山陽一帶的都市，經濟規模稍顯落後；相鄰的長門市反而在交通上更為便捷。2005年（平成17年），舊萩市與周邊2町4村合併，形成新的萩市，面積約 698.79平方公里，占山口縣總面積的約一成以上。但人口減少問題嚴峻，尤其在原本的町村地區則更加明顯。
萩市的中心位於日本少數大型三角洲地帶之一。阿武川在市內分流為橋本川與松本川，最終注入日本海；兩條河川間還分出新堀川、藍場川等小水道，縱橫於市街之間，使城下町別具水鄉風情。市區北側有伸向海中的指月山，這裡曾是萩城的所在位置。
市域北臨日本海，東鄰島根縣，西接長門市，南則連接山口市與美禰市。轄內還包含見島、大島、相島、櫃島、羽島、肥島、尾島等離島，其中見島、大島、相島、櫃島有人居住，其餘多為無人島。這些島嶼中，除見島外的六座，合稱「六島」或「萩・六島村」。境內的主要山岳為高山（532.8公尺）。
雖然萩市位於日本海側，但因鄰近大陸且受對馬暖流影響，氣候相對溫和。冬季日照時間偏少，降水量卻不算多，氣候特徵更接近九州型的太平洋側氣候。
