现实中的“箱根町立旧仙石原中学校”是动画《新世纪福音战士》中“第三新东京市第一中学校”的设计原型。该校位于神奈川县箱根地区，目前已废校。由于其真实存在的地理位置与校舍风貌成为动画背景的参考，使得作品中的虚构世界增添了浓厚的现实感，也成为粉丝前往圣地巡礼的重要地点。
在剧中，“第三新东京市第一中学校”是位于日本新首都“第三新东京市”的市立中学，为动画中唯一具体出现的学校，承载着多位主要角色的学生生活与剧情发展。2年A班是主角碇真嗣所属的班级，在他转学来之前，绫波丽已是该班学生，随后明日香也加入其中。班上学生多数来自家庭背景不完整、缺乏直系亲属者，并由“马尔杜克机关”挑选为EVA驾驶员候补，显示该校具备特殊且隐秘的功能。
剧中也暗示，NERV组织对学校有人事与安全上的干预。角色葛城美里曾说“真嗣日常的保安就拜托了”，透露学校内可能有专人驻守，以保障驾驶员的安全。
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