現實中的「箱根町立舊仙石原中學校」是動畫《新世紀福音戰士》中「第三新東京市第一中學校」的設計原型。該校位於神奈川縣箱根地區，目前已廢校。由於其真實存在的地理位置與校舍風貌成為動畫背景的參考，使得作品中的虛構世界增添了濃厚的現實感，也成為粉絲前往聖地巡禮的重要地點。
在劇中，「第三新東京市第一中學校」是位於日本新首都「第三新東京市」的市立中學，為動畫中唯一具體出現的學校，承載著多位主要角色的學生生活與劇情發展。2年A班是主角碇真嗣所屬的班級，在他轉學來之前，綾波零已是該班學生，隨後明日香也加入其中。班上學生多數來自家庭背景不完整、缺乏直系親屬者，並由「馬爾杜克機關」挑選為EVA駕駛員候補，顯示該校具備特殊且隱密的功能。
劇中也暗示，NERV組織對學校有人事與安全上的干預。角色葛城美里曾說「真嗣日常的保安就拜託了」，透露學校內可能有專人駐守，以保障駕駛員的安全。
