長崎車站位於長崎縣長崎市尾上町，是九州旅客鐵道（JR九州）的主要車站，也是長崎縣縣廳所在地長崎市的核心車站。作為西九州新幹線以及長崎本線的終點站，長崎車站是縣內使用人數最多的鐵路車站，肩負著串聯縣內外交通的重要角色。
目前，西九州新幹線「鷗」（かもめ）在此發着，並有快速「海濱快車」（シーサイドライナー）連結佐世保市及縣北地區，同時也有大村線多數列車直通至此。雖然過去長崎車站曾有眾多開往本州的優等列車，但隨著2008年臥鋪特急「曉」（あかつき）停駛後，現今所有列車均僅運行於九州境內。值得一提的是，2013年起JR九州的豪華列車「七星 in 九州」曾經駛入長崎車站，不過在西九州新幹線通車後，停靠點改為佐世保車站。
車站前設有長崎電氣軌道的「長崎車站前」電車站，旅客可以搭乘路面電車直達市中心的濱町、銅座等繁華區域，或前往市內多處觀光景點，如大浦天主堂、出島、眼鏡橋等地，交通十分便利。此外，車站旁還設有日本貨物鐵道（JR貨物）的長崎「無軌道轉運站」（長崎オフレールステーション），用於貨物轉運。
長崎車站的現代化改造歷時多年，在縣政府主導下，隨著長崎本線連續高架化工程與西九州新幹線建設同步推進，於2020年3月28日正式啟用全新的高架化車站大樓，讓鐵路與市區動線更加順暢。2022年9月23日，西九州新幹線開業，長崎車站成為日本最西端的新幹線停靠站。
