恵那市位於岐阜縣東南部，2004年由舊恵那市與恵那郡的岩村町、山岡町、明智町、串原村、上矢作町合併而成。市內以風景秀麗的恵那峽最為知名，吸引許多遊客前來觀光。地勢屬於美濃三河高原的一部分，平均標高約300公尺，四周被海拔700至1,000公尺的群山環繞，包括北部的笠置山、東部的保古山與根之上高原、西部的屏風山與夕立山，以及南部的焼山與三森山等，形成起伏的山地景觀。
市內河川網絡發達，屬於木曾川水系、矢作川水系與庄內川水系三大流域。木曾川自北部東西向貫穿市境，阿木川與中野方川等支流在市內匯入木曾川；最南端的矢作川則形成與愛知縣的天然邊界。岩村町與上矢作町間的木之實峠為分水嶺，將水流分別導向不同河川系統。此外，發源於三鄉町的土岐川及其支流小里川則向西匯入伊勢灣。
恵那市的湖沼多為人工水庫，天然湖泊稀少，其中保古之湖為高原農業灌溉用蓄水池；大井壩攔截木曾川形成的恵那峽湖面景觀優美，而阿木川壩、矢作壩與小里川壩則分別形成各自的水庫，兼具防洪、供水與觀光功能。
雖然市域由多個舊市町村組成，市街地呈分散分佈，但行政與商業中心集中於原恵那市的大井町與長島町。市政府、主要行政機構、交通樞紐JR東海恵那站、大型購物中心與金融機構皆位於此地，中央自動車道的恵那交流道也設於此，成為市內交通與經濟活動的核心。
