諫早站是長崎縣諫早市的中心車站，也是僅次於長崎站、全縣利用人數排名第二的重要交通樞紐。這裡不僅是JR九州長崎本線上的主要車站，還有大村線、西九州新幹線，以及島原鐵道的島原鐵道線共四條路線交會，因此成為長崎中部與島原半島的重要玄關口。特別是島原鐵道站，還冠上了「雲仙・島原口」的副站名。
站內設施全面支援交通卡 SUGOCA，不過因為是長崎本線長崎區間的東端站，僅能往長崎方面及大村線部分區間使用，若是往鳥栖方向或搭乘島原鐵道、西九州新幹線，則需要購票，西九州新幹線在這裡也會全列車停靠。
長崎本線與長崎站之間的班次非常密集，新線（市布經由）除了高峰時段以外，每小時有數班往返，還有佐世保、大村線直通的快速列車運行。而舊線（長與經由）則主要是普通列車與觀光列車通行，其中包括九州知名的豪華列車「或る列車」、「ふたつ星4047」與「ななつ星 in 九州」，讓鐵道迷也十分關注。
至於大村線，從諫早站出發有普通與快速列車，班次規律且方便轉乘。而上行往佐賀方向（湯江、江北方面）的長崎本線，普通列車班次相對少一些，部分時段甚至可能出現3小時沒有普通車的情況。
車站幾乎所有列車都會停靠，極少有列車直接通過，就連新幹線也不例外。此外，因長崎本線與西九州新幹線在諫早－長崎間呈現並行狀態，旅客可以選擇普通鐵路或新幹線來往長崎，非常靈活。
有趣的是，JR九州在諫早站的站名標上特別設計了「のんのこ踊り」的圖案，這是諫早的代表性民俗舞蹈，象徵當地的文化特色。
