佐世保車站位於長崎縣佐世保市的三浦町，是這座北部重要城市的交通核心。這裡是 JR 九州的佐世保線與松浦鐵道西九州線的終點站，所有列車都以此為始發與終點，展現出它在區域交通網中的重要地位。雖然佐世保市是縣內僅次於長崎市的人口大城，但在鐵路使用人數方面，佐世保站則排名第三，位於長崎站與諫早站之後。
由於佐世保線的普通與快速列車多半直通大村線或以早岐站為分界，若要繼續向東行駛，一般需在早岐站換乘，這也讓佐世保站在實際運輸上成為西九州的鐵路門戶。另一方面，松浦鐵道西九州線的前身是國鐵的松浦線，1988 年改由第三部門經營，並在名稱更動後，讓佐世保站成為 JR 集團所有車站中最西端的據點，同時也是日本最西端的終點站。
車站周邊是佐世保市中心，附近聚集了購物商場、餐飲設施與觀光景點，是旅客展開佐世保之旅的起點。車站內部設施完善，不僅是通勤族的重要據點，也是觀光旅客前往九十九島、海上自衛隊佐世保基地以及大型主題樂園「豪斯登堡」的便利入口。
