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今歸仁村位於沖繩本島北部的本部半島，範圍涵蓋了半島的北半部。地勢依山面海，環境清幽。村東北方約1.5公里處有一座古宇利島，2005年透過古宇利大橋與名護市的屋我地島連結。之後在2010年，屋我地島與今歸仁村所在本島區域之間的瓦爾米大橋通車，交通大為改善。在瓦爾米大橋開通之前，若要從古宇利島前往村公所所在的仲宗根，必須先經由名護市繞行羽地內海，相對不便。
村內地形上，大井川自中央地帶北流，最終注入東海。今歸仁村因為坐落於海岸與山林之間，兼具豐富的自然景觀與歷史遺跡，是沖繩本島北部極具特色的聚落。
