La préfecture de Nagasaki est située dans la région de Kyūshū, au Japon, et sa capitale est la ville de Nagasaki. Elle se caractérise par la présence de nombreuses îles, dont les îles Gotō, l'île Iki et Tsushima. Elle est connue pour être la préfecture ayant le plus grand nombre d’îles parmi les 47 préfectures du Japon.
Sur le plan géographique, elle est bordée par la préfecture de Saga à l’est, tandis que les trois autres côtés sont entourés par la mer. Selon une enquête publiée en 2023 par l’Autorité géospatiale du Japon, 1 479 îles se trouvent dans la préfecture, un record national. En raison de la présence de nombreuses côtes découpées de type ria, le littoral total de la préfecture atteint 4 137 kilomètres, ce qui en fait le deuxième plus long du Japon après Hokkaidō (en incluant les Territoires du Nord), et en pratique le plus long. Bien que sa superficie ne représente qu’environ un vingtième de celle de Hokkaidō, la complexité de ses côtes et le nombre élevé d’îles expliquent cette longueur remarquable.
Ce relief particulier explique aussi la présence de 83 ports répartis sur tout le territoire, ce qui représente environ 7,4 % du total national. Une autre caractéristique notable est qu’aucun endroit de la préfecture ne se trouve à plus de 15 kilomètres du littoral.
Le climat est généralement doux, avec de faibles écarts de température, en raison de l’influence du courant de Tsushima qui remonte du sud-ouest. Cependant, la proximité du continent rend la région vulnérable aux vagues de froid, et les températures peuvent fortement chuter en hiver, avec parfois des journées sans dégel. Sur les côtes de la mer de Chine orientale, le ciel est souvent couvert, avec des averses ou des chutes de neige. Les accumulations de neige restent rares, mais lorsque le vent saisonnier ne bloque pas les nuages, d’importantes chutes peuvent se produire : par exemple, environ 14 cm de neige ont été enregistrés à Nagasaki le 16 janvier 2001, et environ 17 cm le 24 janvier 2016.
Sur l'île de Tsushima, proche de la péninsule coréenne, les nuages neigeux sont souvent bloqués par le continent, ce qui fait que, même s’il neige parfois, les accumulations sont rares.
Concernant la biodiversité, on observe sur les côtes des plantes subtropicales comme le figuier Akou, reflet du climat chaud de la région. La proximité avec le continent a également permis la présence d’espèces relictuelles d’origine continentale, telles que le chat-léopard de Tsushima ou le gobie amphibie "mudskipper". Par ailleurs, de nombreuses îles abritent des sous-espèces ou des variétés spécifiques, témoignant d’une grande diversité biologique.