长崎县位于日本九州地区，县政府所在地为长崎市。其特点在于拥有众多岛屿，包括五岛列岛、壹岐岛、对马等，是日本47个都道府县中岛屿数量最多的县。
在地形方面，除东侧与佐贺县接壤外，其余三面皆被海洋环绕。根据国土地理院于2023年发布的调查，长崎县内共有1479座岛屿，为全国最多。此外，由于多为海岸曲折的沉水海岸地形（即“里亚斯式海岸”），使得县内总海岸线长度达到4137公里，为全国第二长，仅次于包含北方四岛的北海道，若不计北方领土，则实际上为全国最长。尽管长崎县的面积仅为北海道的大约二十分之一，却拥有如此之长的海岸线，主要原因在于其地形复杂且岛屿众多。
也因此，县内分布有83个港湾，约占全国港湾总数的7.4%。此外，长崎县的另一个特点是，县内任一地点距离海岸线均不超过15公里。
气候方面，受从西南方向流入的对马暖流影响，整体气候温暖，气温变化较小。然而，由于地处接近亚洲大陆，也容易受到寒潮影响，冬季气温有时会远低于往年平均，甚至会出现整日气温低于0度的“严寒日”。尤其是面向东海的地区，阴天较多，常出现间歇性降雨或降雪。虽然积雪量普遍较少，但若遇季节风导致雪云未被阻挡，也可能出现大雪。例如，2001年1月16日长崎市曾记录约14厘米积雪，2016年1月24日则有约17厘米积雪。
在对马地区，由于地理位置接近朝鲜半岛，容易被大陆阻挡雪云，虽有降雪日，但积雪情况较为罕见。
在生态方面，沿海可见如木榄（アコウ）等亚热带性植物，反映出当地温暖的气候。此外，由于靠近亚洲大陆的地理因素，也发现如对马山猫、弹涂鱼等属于大陆系统的遗存种；而许多离岛上也栖息着特有亚种或变种，显示出长崎县拥有高度的生物多样性。