阿里山駅は阿里山森林鉄道の終着駅であり、同時に祝山線、沼平線、神木線などの阿里山支線の起点でもあります。もともと、阿里山駅は阿里山森林鉄道の第4分道として設けられていました。1970年代に入り、観光客の大幅な増加と沼平地区の用地の制約を受け、阿里山森林遊楽区の拡張を目的として1977年8月に新駅の建設が始まり、1981年1月11日に正式に完成・開業しました。当時、まだ運行を続けていた沼平旧駅と区別するため、新しい駅は「阿里山新駅」と名付けられました。
しかし、1999年の九二一大地震によって新駅の構造が損傷し、危険建築物とされたため、使用が中止され、主線の終点も一時的に沼平駅に戻されました。その後、2003年には沼平駅の運営負担を軽減するため、林業保育署は阿里山車庫のそばに仮設駅を設置し、元の場所で新駅の再建工事に着手しました。最終的に、阿里山駅は2007年9月に正式に完成し、再び一般に開放されました。
