阿里山车站是阿里山林业铁路的终点站，同时也是祝山线、沼平线与神木线等阿里山支线的起点。最初，阿里山车站原本是阿里山林铁的第四分道。到了1970年代，由于前来旅游的人数大幅增加，而沼平地区腹地有限，为了扩充阿里山森林游乐区的空间，于1977年8月启动新站的兴建工程，并于1981年1月11日正式完工启用。为了与当时仍在运作的沼平旧车站有所区隔，当时便将新建的站命名为“阿里山新站”。
然而，1999年九二一大地震导致新站结构受损成为危楼，因此被迫封闭使用，主线终点也暂时迁回至沼平站。到了2003年，为了纾解沼平车站的营运压力，林业保育署在阿里山车库旁设置了临时车站，并着手于原址进行新车站的重建工程。最终，阿里山车站于2007年9月正式完工并重新对外开放。
