阿里山車站是阿里山林業鐵路的終點站，同時也是祝山線、沼平線與神木線等阿里山支線的起點。最初，阿里山車站原本是阿里山林鐵的第四分道。到了1970年代，由於前來旅遊的人數大幅增加，而沼平地區腹地有限，為了擴充阿里山森林遊樂區的空間，於1977年8月啟動新站的興建工程，並於1981年1月11日正式完工啟用。為了與當時仍在運作的沼平舊車站有所區隔，當時便將新建的站命名為「阿里山新站」。
然而，1999年九二一大地震導致新站結構受損成為危樓，因此被迫封閉使用，主線終點也暫時遷回至沼平站。到了2003年，為了紓解沼平車站的營運壓力，林業保育署在阿里山車庫旁設置了臨時車站，並著手於原址進行新車站的重建工程。最終，阿里山車站於2007年9月正式完工並重新對外開放。
