在中日战争期间，日军从南京掠走玄奘大师的顶骨舍利，并供奉于日本埼玉县的慈恩寺。直到1955年，日方才将部分顶骨舍利归还给中华民国佛教会，并决定暂时安奉于日月潭畔的玄光寺。直到1965年11月，玄奘寺正式落成后，这批灵骨才被隆重迎入玄奘寺内供奉。
玄奘寺采用仿唐朝风格建筑，屋顶覆以碧绿琉璃瓦，搭配朱红色柱子，整体古朴典雅，毫不浮华，周围环境宁静雅致，展现中国古典园林的雍容气度。寺前面对日月潭，背倚青龙山，风水地理师称此地为“青龙戏珠”的宝地，是最适合安奉玄奘大师顶骨舍利的灵地。位于寺内的玄奘法师文物纪念馆，已于民国103年3月28日正式对外开放，供大众瞻仰。
