在中日戰爭期間，日軍從南京掠走玄奘大師的頂骨舍利，並供奉於日本埼玉縣的慈恩寺。直到1955年，日方才將部分頂骨舍利歸還給中華民國佛教會，並決定暫時安奉於日月潭畔的玄光寺。直到1965年11月，玄奘寺正式落成後，這批靈骨才被隆重迎入玄奘寺內供奉。
玄奘寺採仿唐朝風格建築，屋頂覆以碧綠琉璃瓦，搭配朱紅色柱子，整體古樸典雅，毫不浮華，周遭環境寧靜雅致，展現中國古典庭園的雍容氣度。寺前面對日月潭，背倚青龍山，風水地理師稱此地為「青龍戲珠」的寶地，是最適合安奉玄奘大師頂骨舍利的靈地。位於寺內的玄奘法師文物紀念館，已於民國103年3月28日正式對外開放，供大眾瞻仰。
