高萩市位於茨城縣的東北部，屬於縣北地區，東臨太平洋，西接阿武隈山地（又稱多賀山地），是一座兼具山海風貌的城市。地理環境豐富，市域內約85%的面積為山林與原野。
高萩市的地形由山區延伸至海岸，形成多樣化的自然景觀。市內有大北川、關根川與花貫川等三條主要河川自山區蜿蜒流向海洋，其中大北川的下游則流經鄰近的北茨城市。這些河川為當地提供了豐富的水資源，也孕育出許多親水與生態景點。
